De loin la plainte la plus régulière des propriétaires de piscine concerne les algues. C'est parce que les algues sont naturellement laides. Il y a plus de 21.000 espèces des algues connues de l'homme mais seulement une fraction de ces celles-ci sont produites dans les piscines.

Les algues ne causent pas la maladie. C'est une plante qui transforme la lumière du soleil et l'anhydride carbonique en nourriture et fournit des aliments pour les bactéries qui peuvent alors se multiplier rapidement (et peuvent causer la maladie). Quand il y a les algues présentes dans la piscine, le chlore est consommé pour essayer de combattre rapidement leur croissance. Ce processus a tendance de soulever le pH, de ce fait diminuant l'efficacité du chlore libre restant.

La croissance non réprimée d'algues peut convertir la piscine en vert et faire en sorte que l'eau soit nuageuse. Le résultat sont des odeurs et un goût fétide. Les algues noires sont plus difficiles à maîtriser que les vertes ou les algues bleu-vert, peuvent également souiller les murs et le plancher de la piscine.

La prévention est meilleure que le traitement. Des niveaux adéquats de chlore libre empêcheront les algues de croître de manière incontrôlée. Quand la croissance d'algues est constatée, cela exige un traitement rigoureux. Habituellement le traitement de choc avec du chlore ou un algaecide est recommandé.